Как быть с НДФЛ, если недвижимость продана по заниженной стоимости? 

Если доходы от продажи недвижимости меньше, чем ее кадастровая стоимость на 1 января года, в котором перешло право собственности, умноженная на понижающий коэффициент 0,7, то в целях налогообложения доходы от продажи принимаются равными кадастровой стоимости, умноженной на коэффициент 0,7. 

Если кадастровая стоимость не определена, указанные правила не применяются. 
При определении размера налоговой базы по НДФЛ налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета при продаже имущества. Вместо этого можно уменьшить сумму доходов на расходы, связанные с приобретением имущества.